האסיפה הכללית

בכל שנה, בשבוע החנוכה, מתקיים כנס שנתי של חברי האגודה הישראלית לאסטרונומיה אליו מגיעים חברי האגודה מכל רחבי הארץ. חלקו הראשון של הכנס מתוכנן  בדרך כלל כיום עיון עם הרצאות של מיטב המרצים מהאקדמיה, העוסקות בנושאים העומדים ברומו של עולם האסטרונומיה.

חלקו השני של הכנס מוקדש לדיון על פעילות האגודה, ובו גם נבחרים  חברי ועד חדש לאגודה שינהלו את האגודה בשנה הבאה וחברי ועדת הביקורת. כל חבר מעל גיל 18 ששילם את מס החבר יכול לבחור ולהיבחר לוועד האגודה או לועדת הביקורת שלה. 

 ועד האגודה

ועד האגודה הינו הגוף האחראי לניהולה השוטף והתקין של האגודה הישראלית לאסטרונומיה. בועד חברים 10 חברי אגודה אשר נבחרו על ידי חברי האגודה.

הוועד, בישיבתו הראשונה, בוחר את בעלי התפקידים: יושב ראש, סגן, גזבר ומזכיר.  כמו כן נבחרים: ועדות המערכת, המינויים, האתר והפעילויות. הוועד נעזר, בדרך כלל, גם בחברי אגודה מתנדבים נוספים.

ישיבות הוועד מתקיימות בתדירות תלת שבועית במשרדי האגודה במצפה הכוכבים בגבעתיים. הוועד דואג לרכישה ואחזקה של הציוד האסטרונומי במצפה,  קיום ההרצאות בימי חמישי,  קיום תצפיות לילה חודשיות בנגב, הוצאת האלמנך ורבעון האסטרונומיה בעברית, סופי שבוע וטיולים בארץ ובעולם, וכן  קשר שוטף עם חברי האגודה והקהל הרחב.

 המצפה בגבעתיים מנוהל בשיתוף הדוק עם עיריית גבעתיים.

ועדת הביקורת

תקציב האגודה ממומן ממסי חברי האגודה בלבד, ללא תמיכה ממשלתית או ציבורית.

האגודה מגישה את מאזניה לרשם העמותות ומקבלת כל שנה אישור על ניהול תקין מרשם האגודות של משרד האוצר.